Versionen im Vergleich
Schlüssel
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Projektzusammenfassung
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Ziele
In diesem Projekt wird eine digitale Infrastruktur errichtet, mit der Life Science Daten im Bereich des VBC und seiner Kooperationspartner schnell und sicher gespeichert werden können. Es werden schnelle und robuste Verbindungen von den Nutzer*innen im Labor bis zu den bestehenden Core Facilities und Computing Facilities ermöglicht. Dadurch können große Mengen an Life Science Daten mit hoher Bandbreite zwischen analytischen Geräten und leistungsfähigen Datenspeichern, sowie zwischen den Datenspeichern und den relevanten High-Performance Computing Clustern zur Analyse hin und (wieder) zurück transferiert werden.
Daraus ergeben sich folgende angestrebte Ziele:
- Schaffung von Storage Kapazitäten von 5 PetaByte (PB) im Projektzeitraum mit Hochdurchsatz-Anbindung an Aufnahmegeräten und analytischen Core Facilities und an High-Performance Computing Clustern
- Schaffung von Datensicherungs- und Archivierungskapazitäten von netto 5 PB
- Bereitstellung von Hochdurchsatz-Forschungsdaten in den Life Sciences für die Lehre, wobei bestehende Hardware für die Bearbeitung der Daten genutzt wird
- Anbindung der Storage Kapazitäten an Open Science Plattformen (z.B. European Open Science Cloud) und internationale Infrastrukturen (z.B. ELIXIR)
- Training der Forschungsgruppen im Bereich Datenmanagement und Datenharmonisierung
- Speicherung und Verarbeitung der Life Science Daten mit maximaler Effizienz und minimalem Ressourceneinsatz (entsprechend den „Do no significant harm“ Richtlinien)
Maßnahmen
- Das Projekt beruht auf der Identifikation und Einbeziehung von „Data creation sites“, also derjenigen Geräte, Core facilities und Arbeitsgruppen, welche Life Science Daten in so großem Umfang erzeugen und verarbeiten, dass Standard-Desktop-Umgebungen und bestehende zentrale Dateninfrastruktur nicht ausreichend sind. Diese „Data creation sites“ sind dynamisch und werden sich durch neue Forschungsgruppen und neue analytische Kapazitäten laufend verändern.
- Diesen „Data creation sites“ wird der Zugriff auf einen zentralen Hochleistungs-Datenspeicher ermöglicht, welcher so schnell angebunden ist, wie es die Datenerzeugung und -verarbeitung erfordern. Dabei werden außergewöhnlich hohe Datentransferraten am Campus Vienna Biocenter bereitgestellt, da dort die technischen Voraussetzungen entsprechend vorliegen.
- Zwischen dem zentralen Hochleistungs-Datenspeicher und diesen „Data processing sites“ werden bedarfsgemäß schnelle Datenverbindungen eingerichtet. Dies ist am Campus Vienna Biocenter und zwischen diesem und dem Standort des Vienna Scientific Cluster technisch gut umsetzbar.
- Zusätzlich zur nötigen Infrastruktur für Datenspeicherung und -transfer umfasst das Konzept ein begleitendes Training der User*innen, die Einbindung in die Lehre, sowie die Umsetzung von Open Science Prinzipien sowie die Anbindung an internationale Infrastrukturen.
Nachhaltigkeit
- Bedarfsgerechte Planung und Umsetzung
- Beschaffung von Komponenten mit minimalem Energieaufwand für Herstellung und Betrieb
- Recycling von Alt-Komponenten
- Betrieb in Serverräumen mit energieeffizienter Kühlung
- Vermeidung von Mehrfachkapazitäten durch effiziente Vernetzung mit allen Nutzergruppen
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Ziele
ATIV-Biodat zielt auf die Schließung der digitalen Datenvernetzungslücken zwischen den Universitäten und den (inter-)nationalen Biodiversitäts- und Taxonomiedatenbanken, indem es eine koordinierte Eingabe- und Vernetzungsplattform für Forschungs- und Management-relevante biologische Datensammlungen etabliert. Das zentrale Ziel ist die koordinierte Entwicklung einheitlicher bioinformatischer Infrastruktur und Kompetenz. Zukünftig können über die neu geschaffene Plattform alle an Universitäten generierten Biodiversitätsdaten erfasst, gebündelt und digital vernetzt werden. Somit wird eine breite Verfügbarkeit dieser Daten garantiert, was für erfolgreiches Monitoring und Biodiversitätsforschung unumgänglich ist. Um das zu erreichen, werden an sechs österreichischen Universitäten analoge Eingabe-Arbeitsplätze eingerichtet, wobei die jeweiligen Hard- und Softwareanschaffungen den lokalen Bedürfnissen bezüglich Datensammlung, Infrastruktur und Forschung angepasst werden, sowie an der UWK der Biodiversitäts-Atlas Österreich weiter ausgebaut und um ein Tool zur Erfassung von Monitoringdaten ergänzt. Zur Etablierung ist qualifiziertes Personal nötig, das die vernetzte Eingabesoftware entwickelt, an die lokalen Gegebenheiten anpasst, und flächendeckend implementiert. Da alle beantragenden Universitäten bereits Kommittments zur Förderung der Biodiversität haben und laufend erhebliche Drittmittel zur Datengenerierung einwerben, kann der arbeitsteilige Betrieb der Infrastruktur nach Ablauf der Förderung ohne zusätzliches Personal gewährleistet werden. Durch neue bioinformatische Pipelines wird das Einspielen von klassischen aber besonders auch genetischen Biodiversitätsdaten, die mittels neuer zeit- und kosteneffizienter (Next-Next-Gen-) Sequenziertechnologien generiert werden, beschleunigt und vereinheitlicht. Auch ihre Verknüpfung mit Metadaten soll effizienter werden. Neben der nationalen Vernetzung (z.B. GBIF-Austria, ABOL) erfolgt auch die unumgängliche Vernetzung mit internationalen Datenknotenpunkten, wie beispielsweise BOLD, GBIF, Global Fungi, aber auch in Richtung eines Biodiversitätsdokumentationzentrums als Teil von EOSC (European Science Cloud Europe), welche mit den europäischen Partnern von BIOSCan Europe bereits abgestimmt wurde.
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Projektplan
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